Ufundowany na początku XVI wieku przez marszałka Wielkiego Księstwa Litewskiego Aleksandra Chodkiewicza i prawosławnego biskupa Józefa Sołtana, a specjalny tomos sankcjonujący jego budowę wydał patriarcha Konstantynopola Joachim I. Akt erekcyjny został potwierdzony również przez króla Aleksandra Jagiellończyka. W 1501 roku powstała tu najpierw drewniana cerkiew pw. św. Jana Teologa. W dwa lata później rozpoczęto budowę cerkwi murowanej pw. Zwiastowania NMP. W 1516 roku wyświęcono cerkiew Błagowieszczeńską, później budynki monasteru wzbogaciły się o cerkiew Zmartwychwstania Pańskiego, której integralną częścią były katakumby. Z biegiem lat stał się ważnym ośrodkiem kulturalnym i religijnym, m.in. ze względu na bogatą bibliotekę, która w 1557 roku liczyła już 200 pozycji, i rozwinięte kontakty z innymi ważnymi ośrodkami prawosławnymi, jak Góra Athos czy Ławra Pieczerska, czego wyrazem było nadanie ihumenowi Sergiuszowi (1532-1565) tytułu archimandryty. Odwiedzając monaster w 1582 roku patriarcha Serbii i Bułgarii Gabriel podnosi go do rangi "Ławry" i nadaje archimandrycie Tymoteuszowi (1575-1590} mitrę. Powracający z Moskwy patriarcha Konstantynopola Jeremiasz II w 1589 roku przybył do Ławry supraskiej. W 1609 roku, po oblężeniu przez wojska królewskie, zmuszony zostaje przyjąć unię. Bazylianie rozbudowują kompleks klasztorny i rozwijają działalność wydawniczą, klasztor staje się znaczącym ośrodkiem kultury i oświaty. Następuje okres jego największego rozkwitu. W 1796 dobra klasztoru konfiskują władze pruskie. Od 1797 do 1809 mieścił się tu kościół katedralny diecezji supraskiej. W 1823 w bibliotece klasztornej profesor wileńskiego uniwersytetu Michał Bobrowski znajduje jedenastowieczną OCS księgę. W 1824 władze rosyjskie odbierają klasztor unitom i zwracają mnichom prawosławnym. Znaczna część budynków klasztornych zostają przekazana fabrykantom, którzy rozpoczynają w nich produkcję sukna. W 1875 zbudowana została cerkiew św. Pantelejmona, w 1889 – Jana Teologa, a 1901 – św. Jerzego Zwycięzcy. W 1910 następuje renowacja szesnastowiecznych fresków. Działania I wojny światowej i zbliżające się nieuchronnie odrodzenie Państwa Polskiego powodują ucieczkę mnichów w głąb Rosji (bieżeństwo); mnisi zabierają ze sobą cudowną Supraską Ikonę Matki Bożej. W II Rzeczypospolitej budynki klasztorne zostają przekazane salezjanom, którzy prowadzą w nich sierociniec. W 1944 wojska niemieckie niszczą cerkiew Zwiastowania NMP. Po wojnie znajduje tu swoją siedzibę szkoła rolnicza. Od lat 80. XX w Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny stopniowo odzyskiwał budynki klasztorne i prowadził prace konserwatorskie i remontowe. Prace remontowe w Ławrze trwają do dzisiaj. Planowana jest także odbudowa Cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego, która znajdowała się kiedyś nad katakumbami